1、鸡蛋在形成过程中会带菌，未熟的鸡蛋不能将细菌杀死，容易引起腹泻。同时，鸡蛋蛋白含有抗生物素蛋白，会影响食物中生物素的吸收，使身体出现食欲不振、全身无力、肌肉疼痛等症状。鸡蛋中的抗胰蛋白酶，影响人体对鸡蛋蛋白质的消化和吸收。未熟的鸡蛋中这两种物质没有被分解，因此影响蛋白质的消化、吸收。另外，生鸡蛋的蛋白质结构致密，有很大部分不能被人体吸收，只有煮熟后的蛋白质才变得松软，人体胃肠道才可消化吸收。生鸡蛋有特殊的腥味，会引起中枢神经抑制，使唾液、胃液和肠液等消化液的分泌减少，从而导致食欲不振、消化不良。
2、鸡蛋煮得时间过长，蛋黄表面会形成灰绿色硫化亚铁层，很难被人体吸收。蛋白质老化会变硬变韧，影响食欲，也不易吸收。
3、早上喝豆浆的时候吃个鸡蛋，或是把鸡蛋打在豆浆里煮，是许多人的饮食习惯。豆浆含有的一种特殊物质叫胰蛋白酶，与蛋清中的卵清蛋白相结合，会造成营养成分的损失，降低二者的营养价值。
4、一些人常将煮熟的鸡蛋浸在冷水里，利用蛋壳和蛋白的热膨胀系数不同，使蛋壳容易剥落，但这种做法不卫生。因为新鲜鸡蛋外表有一层保护膜，使蛋内水分不易挥发，并防止微生物侵入，鸡蛋煮熟后壳上膜被破坏，蛋内气腔的一些气体逸出，此时鸡蛋置于冷水内会使气腔内温度骤降并呈负压，冷水和微生物可通过蛋壳和壳内双层膜上的气孔进入蛋内，贮藏时容易腐败变质。
5、鸡蛋与糖同煮会因高温作用生成一种叫糖基赖氨酸的物质，破坏了鸡蛋中对人体有益的氨基酸成分，而且这种物质有凝血作用，进入人体后会造成危害。如需在煮鸡蛋中加糖，应该等稍凉后放入搅拌，味道不减。
6、鸡蛋中含有氯化钠和大量的谷氨酸，这两种成分加热后生成谷氨酸钠，有纯正的鲜味。味精的主要成分也是谷氨酸钠，炒鸡蛋时如果放入味精，会影响鸡蛋本身合成谷氨酸钠，破坏鸡蛋的鲜味。