1. 促进植物生长：复合微生物菌剂中含有多种有益微生物，如固氮菌、溶磷菌等，能与植物根系共生，提供植物所需的养分，促进植物生长发育，增加产量。
2. 抑制有害微生物：菌剂中的一些微生物具有拮抗作用，可以抑制土壤中的一些病原菌和有害微生物的繁殖，降低病害发生率，减少农药的使用。
3. 改良土壤结构：复合微生物菌剂中的微生物可以分解有机物，改良土壤结构，提高土壤肥力和保水保肥能力。